Для начала разберемся, что такое аффилиаты. Аффилиатами являются сайты, которые принадлежат одному владельцу и продвигаются по одним и тем же ключам. Аффилиат-фильтр Яндекса нацелен на выявление таких структур.

Сайты считаются аффилиатами, если у них совпадает:
1. хостинг
2. адреса и названия фирм
3. ip
4. whois у доменов
5. тематики

Какие санкции применяют Google и Яндекс к таким сайтам?
Google писсимизирует группу связных сайтов в выдаче по запросам
Яндекс оставляет только главный ресурс в выдаче, удалив остальные

Как проверить сайты на аффилиат?
Проверка проводится в ручном режиме по 4 пунктам:
1. Берем часть текста на сайте и делаем запрос в поисковике с оператором intext
2. Проверяем совпадение NS-записей и IP-адресов предполагаемых аффилиатов
3. Проверяем контактные данные на сайтах
4. Проверяем контент на уникальность(каталоги/товары/фото и пр.)

Для справки:
В 2007г. считались сайты принвшие участие в Google AdSense
Google считает сайты-аффилиаты ненужными для пользователей, т.к. наполнение идентичено друг другу.
Яндекс стал применять фильтры для поиска аффилиатов, в результате этого фирмы, имеющие такие сайты, потеряли свои позиции в выдаче.